《水生态学杂志》主要报道与天然和人工水体生态系统及其生态过程相关的各学科的原创性研究成果，特别关注水工程设施建设生态学效应及其对策和措施的理论与应用技术研究，是水域生物多样性、水资源、水环境和水生态保护领域的学术论坛。主要发表水工程建设对生态环境影响分析评价、水工程生态影响补偿对策、供水水库富营养化防治、水库消落区生态保护、水库退化湿地生态恢复、珍稀濒危水生动物保护、生物多样性保护等方面的原创性科研论文、技术报告，为更好地研究协调水工程建设与水生态环境之间的关系提供科技支撑，为以水资源可持续利用支持国家社会经济建设的可持续发展作出较大的贡献。   

《水生态学杂志》的编辑出版，顺应了水利可持续发展、建设民生水利的需要，为宣传贯彻党和国家建设生态文明的方针政策、展示交流水生态领域科技成果提供了重要平台。

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